• Facebook
  • linkedin
  • youtube

Apariția SARS-CoV-2 B.1.1.7 Linie

Statele Unite ale Americii, 29 decembrie 202012 ianuarie 2021

Summer E. Galloway, PhD 1;Prabasaj Paul, dr. 1;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, dr. 1;Rachel B. Slayton, PhD 1;Suxiang Tong, PhD 1;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, dr

La 15 ianuarie 2021, acest raport a fost postat ca MMWRLansare timpurie pe site-ul web MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

Pe 14 decembrie 2020, a raportat Regatul Unito variantă de îngrijorare SARS-CoV-2 (VOC), descendență B.1.1.7,denumit și VOC 202012/01 sau 20I/501Y.V1.*Se estimează că varianta B.1.1.7 a apărut în septembrie2020 și a devenit rapid dominanta în circulațieVarianta SARS-CoV-2 în Anglia (1).B.1.1.7 a fostdetectat în peste 30 de țări, inclusiv în Statele Unite.La fel dedin 13 ianuarie 2021, aproximativ 76 de cazuri de B.1.1.7 aua fost detectat în 12 state din SUA.Mai multe linii de doveziindică faptul că B.1.1.7 este transmis mai eficient decât estealte variante SARS-CoV-2 (13).Traiectoria modelată aaceastă variantă în SUA prezintă o creștere rapidă la începutul anului 2021,devenind varianta predominantă în martie.A crescutTransmiterea SARS-CoV-2 ar putea amenința îngrijirea sănătății tensionateresurse, necesită o implementare extinsă și mai riguroasăa strategiilor de sănătate publică (4), și crește procentul deimunitatea populației necesară pentru controlul pandemiei.Luândmăsurile de reducere a transmiterii acum pot reduce potențialulimpactul B.1.1.7 și acordați timp critic pentru creșterea vaccinuluiacoperire.În mod colectiv, supravegherea genomică îmbunătățităcombinate cu respectarea continuă a publicului efectivmăsuri de sănătate, inclusiv vaccinare, distanțare fizică,utilizarea măștilor, igiena mâinilor și izolarea și carantină, vorsă fie esențială pentru limitarea răspândirii virusului SARS-CoV-2care provoacă boala coronavirus 2019 (COVID-19).Strategictestarea persoanelor fără simptome, dar cu risc mai mare deinfecție, cum ar fi cei expuși la SARS-CoV-2 sau care aucontactul frecvent inevitabil cu publicul, oferă altuloportunitatea de a limita răspândirea continuă.

Supravegherea genomică globală și shar-ul rapid open-sourceFormarea secvențelor genomului viral a facilitat aproape în timp realdetectarea, compararea și urmărirea evoluției SARS-CoV-2variante care pot informa eforturile de sănătate publică pentru controlulpandemic.În timp ce unele mutații în genomul viralapar si apoi se retrag, altele ar putea conferi un avans selectivtage la variantă, inclusiv transmisibilitate sporită, astfel încâto astfel de variantă poate domina rapid alte variante circulante.

La începutul pandemiei, variante de SARS-CoV-2 conţinmutația D614G în proteina spike (S) care creșteaviditatea de legare la receptor a devenit rapid dominantă la mulțiregiuni geografice (5,6).La sfârșitul toamnei anului 2020, mai multe țări au raportat detectareaVariante SARS-CoV-2 care se răspândesc mai eficient.în plusla varianta B.1.1.7, variante notabile includ B.1.351descendența a fost detectată pentru prima dată în Africa de Sud și cea recent identificatăB.1.1.28 subclada (redenumităP.1) detectat la patru călătoridin Brazilia în timpul proiecției de rutină la Haneda (Tokyo)aeroport.§ Aceste variante poartă o constelație de muta geneticățiuni, inclusiv în domeniul de legare la receptorul proteinei S,care este esențial pentru legarea de angiotensina celulei gazdă.receptorul enzimei de conversie-2 (ACE-2) pentru a facilita virusulintrare.Dovezile sugerează că alte mutații au găsit în acesteavariantele ar putea conferi nu numai transmisibilitate crescută darar putea afecta, de asemenea, performanța unor diagnostice în timp realtranscriere inversăReacția în lanț a polimerazei (RT-PCR)testeși reduce susceptibilitatea la anticorpi neutralizanți(2,3,510).Un raport de caz recent a documentat primul caz deReinfecția SARS-CoV-2 în Brazilia cu o variantă SARS-CoV-2care conținea mutația E484K**, care a fost demonstratăpentru a reduce neutralizarea prin seruri convalescente si monoclonaleanticorpi (9,10).

Acest raport se concentrează pe apariția variantei B.1.1.7in Statele Unite.Din 12 ianuarie 2021, niciB.1.351 și nici variantele P.1 au fost detectate înStatele Unite.Pentru informații despre SARS-CoV-2 emergentvariante de îngrijorare, CDC menține o pagină web dedicatăfurnizarea de informații despre variantele emergente de SARS-CoV-2.††

 B.1.1.7 descendență (20I/501Y.V1)

Varianta B.1.1.7 poartă o mutație în proteina S(N501Y) care afectează conformația legării receptorilordomeniu.Această variantă are alte 13 mutații definitorii de descendență B.1.1.7 (Tabel), dintre care câteva sunt în proteina S,inclusiv o ștergere la pozițiile 69 și 70 (del6970) căa evoluat spontan în alte variante SARS-CoV-2 și esteipotezată pentru a crește transmisibilitatea (2,7).Ștergereala pozițiile 69 și 70 cauzează eșecul țintei genei S (SGTF)în cel puţin o RT-PCRtest de diagnostic bazat (de exemplu, cuTestul ThermoFisher Taq Path COVID-19, varianta B.1.1.7furnica si alte variante cu del6970 produc un negativrezultat pentru ținta genei S și un rezultat pozitiv pentru celelalte douăținte);SGTF a servit ca proxy în Regatul Unitpentru identificarea cazurilor B.1.1.7 (1).Mai multe linii de dovezi indică faptul că B.1.1.7 este mai multtransmis eficient în comparație cu alte SARS-CoV-2variante care circulă în Regatul Unit.Regiunile din Marea Britanie cuo proporție mai mare de secvențe B.1.1.7 a avut o epidemie mai rapidăcreștere decât în ​​alte zone, diagnosticele cu SGTF au crescutmai rapid decât au făcut diagnosticele non-SGTF în aceleași zone și aproporție mai mare de contacte au fost infectați de pacienții indexcu B.1.1.7 infectii decat de pacientii index infectati cualte variante (1,3).Varianta B.1.1.7 are potențialul de a crește panoul SUAtraiectoria demică în lunile următoare.Pentru a ilustra acest efect,a fost dezvoltat un model compartimental simplu, cu două variante.Prevalența actuală în SUA a B.1.1.7 în rândul tuturor celor care circulăvirusul este necunoscut, dar se crede că este <0,5% pe bazanumăr limitat de cazuri detectate și date SGTF (8).Pentrumodelul, ipotezele inițiale au inclus o prevalență B.1.1.7de 0,5% dintre toate infecțiile, imunitate SARS-CoV-2 de lainfecție anterioară de 10%30%, o reproducere care variază în timpnumăr (R t ) de 1,1 (transmisie atenuată, dar în creștere)sau 0,9 (scăderea transmisiei) pentru variantele actuale și incidența raportată de 60 de cazuri la 100.000 de persoane pe zi pe1 ianuarie 2021. Aceste ipoteze nu reprezintă în mod precisorice locație unică din SUA, ci mai degrabă indică o generalizare acondiții comune în toată țara.Modificarea R t pestetimp rezultat din imunitatea dobândită și creșterea prevaa fost modelată, cu B.1.1.7 R t presupusăsă fie o constantă de 1,5 ori R t a variantelor curente, pe bazaestimări inițiale din Regatul Unit (1,3).În continuare, a fost modelat impactul potențial al vaccinăriipresupunând că s-au administrat 1 milion de doze de vaccin perzi care începe la 1 ianuarie 2021 și acea imunitate de 95%.a fost atins la 14 zile de la primirea a 2 doze.Specific,imunitatea împotriva infecției fie cu variantele actuale, fie cuS-a presupus varianta B.1.1.7, deși eficacitatea șidurata protecției împotriva infecției rămâne incertă,deoarece acestea nu au fost obiectivul principal al studiilor clinicepentru vaccinurile inițiale.În acest model, prevalența B.1.1.7 este inițial scăzută, dar pentru căeste mai transmisibil decât variantele actuale, prezintăcreștere rapidă la începutul anului 2021, devenind varianta predominantăfurnică în martie (Figura 1).Fie că este transmisia curentuluivariantele este în creștere (R t inițial = 1,1) sau în scădere lent(R t inițial = 0,9) în ianuarie, B.1.1.7 conduce la o schimbare substanțialăîn traiectoria de transmisie şi o nouă fază de exponenţialcreştere.Cu vaccinare care protejează împotriva infecției,traiectorii epidemice timpurii nu se schimbă și B.1.1.7 se răspândescîncă apare (Figura 2).Cu toate acestea, după ce B.1.1.7 devinevarianta dominanta, transmisia sa a fost substantial redusa.Efectul vaccinării asupra reducerii transmiterii în apropieretermenul a fost cel mai mare în scenariul în care a fost transmisiadeja în scădere (R t inițial = 0,9) (Figura 2).Eforturile timpurii carepoate limita răspândirea variantei B.1.1.7, cum ar fi universal șirespectarea sporită a strategiilor de atenuare a sănătății publice,va permite mai mult timp vaccinării continue pentru a atinge mai multimunitatea la nivel de populație.

Discuţie

În prezent, nu există nicio diferență cunoscută în ceea ce privește rezultatele cliniceasociat cu variantele SARS-CoV-2 descrise;in orice caz,o rată mai mare de transmitere va duce la mai multe cazuri, în creșterenumărul total de persoane care au nevoie de îngrijiri clinice, exacerreducerea poverii unui sistem de sănătate deja tensionat,și ducând la mai multe decese.Supraveghere genomică continuăsă identifice cazurile B.1.1.7, precum și apariția altoravariante de îngrijorare în Statele Unite, este important pentruRăspunsul de sănătate publică COVID-19.În timp ce rezultă SGTFpoate ajuta la identificarea posibilelor cazuri B.1.1.7 care pot fi confirmateprin secvențiere, identificarea variantelor prioritare care nu prezintăSGTF se bazează exclusiv pe supravegherea bazată pe secvențe.

 

 

 

Desemnarea variantei

Prima identificare  

Mutații caracteristice

(proteină: mutație)

Nr. cazuri confirmate de secvențe curente nr de

ţări cu

secvente

Locație Data Statele Unite La nivel mondial  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Regatul Unit septembrie 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15.369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Africa de Sud Octombrie 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazilia și Japonia ianuarie 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Abrevieri: del = deletion;E = proteina de invelis;N = proteina nucleocapside;ORF = cadru de citire deschis;S = proteină în vârf.

Experiența din Regatul Unit și modelele B.1.1.7prezentate în acest raport ilustrează impactul mai contagiosvarianta poate avea asupra numărului de cazuri dintr-o populație.Thetransmisibilitatea crescută a acestei variante necesită o și mai multimplementarea riguroasă combinată a vaccinării și a atenuăriimăsuri de protecție (de exemplu, distanțare, mascare și igiena mâinilor)pentru a controla răspândirea SARS-CoV-2.Aceste măsuri vor fimai eficiente dacă sunt instituite mai devreme decât mai târziupentru a încetini răspândirea inițială a variantei B.1.1.7.Eforturi pentrupregăti sistemul de îngrijire a sănătății pentru creșteri ulterioare în cazurile suntgarantat.O transmisibilitate crescută înseamnă, de asemenea, că mai maretrebuie atinsă acoperirea vaccinală decât cea anticipatăatinge același nivel de control al bolilor pentru a proteja publiculcomparativ cu variantele mai puţin transmisibile.În colaborare cu mediul academic, industrial, de stat, teritorial,parteneri tribali și locali, CDC și alte agenții federalecoordonează și sporesc supravegherea genomică șieforturile de caracterizare a virusului în Statele Unite.CDCcoordonează eforturile SUA de secvențiere prin SARS-CoV-2Secvențiere pentru răspunsul la urgențe de sănătate publică,Epidemiologie și Supraveghere (SFERE)§§consorţiu,care include aproximativ 170 de instituții participante și promovează partajarea deschisă a datelor pentru a facilita utilizarea SARS-CoV-2date secvențe.Pentru a urmări evoluția virală SARS-CoV-2, CDC esteimplementarea supravegherii genomice cu mai multe fațete pentru a înțelegeprocesele epidemiologice, imunologice și evolutivecare modelează filogeniile virale (filodinamică);focar ghidinvestigatii;si faciliteaza detectarea si caracterizareaposibile reinfecții, cazuri de dezvoltare a vaccinului șivariante virale emergente.În noiembrie 2020, CDC a înființatprogramul național de supraveghere a tulpinilor SARS-CoV-2 (NS3).pentru a îmbunătăți reprezentativitatea SARS-CoV-2 internsecvente.Programul colaborează cu 64 de public din SUAlaboratoare de sănătate pentru a sprijini un sistem de supraveghere genomică;NS3 construiește, de asemenea, o colecție de specimene SARS-CoV-2 asecvențe pentru a sprijini răspunsul de sănătate publică și științificcercetare pentru a evalua impactul mutațiilor în cauză asupracontramăsurile medicale recomandate existente.CDC arede asemenea, contractat cu mai multe mari labora clinice comercialetori să ordoneze rapid zeci de mii de SARS-CoV-2specimene pozitive în fiecare lună și a finanțat șapte academiceinstituțiilor să efectueze supravegherea genomică în parteneriatcu agențiile de sănătate publică, adăugând astfel substanțial ladisponibilitatea în timp util a datelor de supraveghere genomică de peste totStatele Unite.Pe lângă aceste inițiative naționale,multe agenții de sănătate publică de stat și locale sunt secvențiale

FIGURA 1. Traiectorii de incidență a cazurilor simulate* ale variantelor actuale de SARS-CoV-2 și ale variantei B.1.1.7,presupunând nicio vaccinare comunitarăși fie R t inițial = 1,1 (A) fie R t inițial = 0,9 (B) pentru variantele curenteStatele Unite, ianuarieaprilie 2021

 

figura 1
figura 2
abrevieri
figura 1

SARS-CoV-2 pentru a înțelege mai bine epidemiologia locală șisprijinirea răspunsului de sănătate publică la pandemie.Constatările din acest raport fac obiectul a cel puțin trei limitetații.În primul rând, amploarea creșterii transmisibilitățiiîn Statele Unite în comparație cu cea observată înRegatul Unit rămâne neclar.În al doilea rând, prevalențaB.1.1.7 în Statele Unite este, de asemenea, necunoscut în acest moment, darse va îmbunătăți detectarea variantelor și estimarea prevalențeicu eforturi sporite de supraveghere din SUA.În fine, mitiga localămăsurile de evaluare sunt, de asemenea, foarte variabile, ceea ce duce la variații înRt.Rezultatele specifice prezentate aici se bazează pe simulareși nu a presupus nicio modificare a atenuărilor după 1 ianuarie.Transmisibilitatea crescută a războiului variantei B.1.1.7dezvăluie implementarea riguroasă a strategiilor de sănătate publicăreduce transmiterea și diminuează impactul potențial al B.1.1.7,cumpărarea de timp critic pentru a crește acoperirea vaccinării.CDC-uridatele de modelare arată că utilizarea universală și creșterea complimăsurile de atenuare și vaccinarea sunt esențiale pentrureduce substanțial numărul de cazuri noi și decese înlunile viitoare.În plus, testarea strategică a persoanelor fărăsimptome ale COVID-19, dar care prezintă un risc crescut pentruinfecția cu SARS-CoV-2, oferă o altă oportunitate de alimita răspândirea continuă.În mod colectiv, supravegherea genomică îmbunătățitălance combinate cu respectarea sporită a sănătăţii publicestrategii de atenuare, inclusiv vaccinare, distanță fizicăfolosirea măștilor, igiena mâinilor și izolarea și carantină,va fi esențială pentru limitarea răspândirii SARS-CoV-2 șiprotejarea sănătăţii publice.

Mulțumiri

Membrii Secvențierii pentru Urgență de Sănătate PublicăConsorțiul de răspuns, epidemiologie și supraveghere;statale si localelaboratoare de sănătate publică;Asociația Laboratoarelor de Sănătate Publică;Echipa CDC de răspuns la COVID-19;Ramura Virusurilor Respiratorii,Divizia de Boli Virale, formularul CDC.Committee of Medical Journal Editors pentru dezvăluirea potențialuluiconflicte de interes.Nu au fost dezvăluite potențiale conflicte de interese.

Referințe

1. Sănătate Publică Anglia.Investigarea variantei noi SARS-CoV-2: varianta de îngrijorare 202012/01, informare tehnică 3. Londra, Regatul Unit: Public Health England;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Apariția și transmiterea recurentă a unui vârf de ștergere SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv[Preprint postat online pe 14 ianuarie 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.Transmiterea liniei SARS-CoV-2 B.1.1.7 în Anglia: perspective din legarea datelor epidemiologice și genetice.medRxiv [Preprint postat online pe 4 ianuarie 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;Echipa CDC de răspuns la COVID-19.Rezumat al îndrumărilor pentru strategiile de sănătate publică pentru a aborda nivelurile ridicate de transmitere comunitară a SARS-CoV-2 și decesele asociate, decembrie 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmwr.2mm
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, şi colab.;Consorțiul COG-UK.Evaluarea efectelor mutației de vârf SARS-CoV-2 D614G asupra transmisibilității și patogenității.Cell 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, şi colab.;Sheffield COVID-19 Genomics Group.Urmărirea modificărilor în vârful SARS-CoV-2: dovezi că D614G crește infecțiozitatea virusului COVID-19.Celulă
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Delețiile naturale ale glicoproteinei cu vârf SARS-CoV-2 conduc la evadarea anticorpilor.bioRxiv [Preprint postat online 19 noiembrie 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S modelele de abandon al genei în testele SARS-CoV-2 sugerează răspândirea mutației H69del/V70del în SUA.medRxiv [Preprint postat online la 30 decembrie 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F și colab.Evadare de anticorpii neutralizanți prin variantele proteinei spike SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Cartografierea cuprinzătoare a mutațiilor la domeniul de legare a receptorului SARS-CoV-2 care afectează recunoașterea de către anticorpii serici umani policlonali.bioRxiv [Preprint postat online pe 4 ianuarie 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Ora postării: 11-feb-2021